CRISPR/Cas9

En quoi la méthode CRISPR/Cas 9 constitue-t-elle une nouveauté ?

La méthode CRISPR/ Cas 9 n’est certes pas le seul outil de modification génomique ( méganucléases, nucléases à doigts de zinc ( en anglais : Zinc Finger Nucleases :ZFNs) ou nucléases effectrices de type activateurs de transcriptions ( en anglais : TALENs :Transcription activator-like effector nuclease ) sont également utilisés en tant que ciseaux biomoléculaires en analyse génétique pour comprendre la fonction d’un gène, d’un groupe de gènes. La méthode CRISPR/Cas9 se démarque toutefois  de toutes les autres méthodes par sa simplicité, sa  rapidité, et son efficacité  à couper l’ADN à un endroit précis du génome, dans n’importe quelle cellule.

CRISPR :

Un grand nombre de bactéries possède de courtes séquences d’ADN répétées régulièrement dans leur génome, ou « CRISPR » pour « Clustered Regularly Interspaced Short Palindoromic Repeats. » Mais plus intéressants sont les fragments que l’on retrouve ENTRE ces séquences CRISPR : des fragments d’ADN viral que la bactérie aura conservé après avoir été en contact de bactériophages (les bactériophages sont les « virus à bactéries »)

Cas9 :

Ainsi, suite à une nouvelle confrontation avec le virus, la bactérie sera capable de transcrire ces séquences autrefois incorporées. Les ARNs alors fabriqués s’associeront à l’enzyme cas9 (Cas : pour CRISPR Associated Protein). Cette cas9 est une endonucléase qui digèrera l’ADN viral une fois que celui-ci aura été reconnu par l’ARN « complémentaire » de cet ADN viral.

Le Système CRISPR/Cas9 est donc un système de défense des bactéries contre les phages. Vu le mécanisme décrit ci-dessus, on peut considérer ce système comme une « immunité acquise » des bactéries vis-à-vis des phages.

Ce n’est qu’à partir de 2012 que ce système naturel à commencé à être mis à profit afin d’en faire un outil de modification génomique. On pourra alors remplacer un gène par un autre, ou alors le modifier (avec un grand degrés de précision). Comment ?

Un brin d’ARN (de séquence homologue à celle de l’ADN que l’on cherche à exciser) nécessite d’être préalablement synthétisé.  Complexé à notre endonucléase Cas9, ce brin d’ARN va reconnaître la séquence homologue d’ADN. La Cas9 coupe alors  la chaîne ADN complémentaire au brin d’ARN (qu’on appellera ARN guide). Le trou laissé ainsi généré sera ensuite comblé par un nouveau fragment d’ADN, soit de manière aléatoire, soit de manière contrôlée en y incorporant un segment d’ADN préalablement synthétisé.

L’utilisation du système CRISPR/Cas9 démultiplie donc les possibilités de recherches en analyse génomique: par exemple, en inactivant  un gène donné, on peut déterminer plus précisément son rôle.

DMLA: Généralités,mécanismes, traitements et pistes d’études

Généralités :

La DMLA (Dégénérescence maculaire liée à l’âge ou  AMD en anglais pour Age-related macular degeneration) représente le première cause de handicap visuel chez les plus de 50 ans et environ un tiers des plus de 75 ans sont touchés par cette maladie en France. La DMLA est caractérisée par une perte progressive de la vision centrale (apparition d’une tâche noire plus ou moins opaque au centre du champ de vision)

Cause :

Sa cause est la dégénérescence des cellules de la macula lutéa (appelée aussi « tâche jaune ») une zone riche en photorécepteurs située dans la zone centrale de la rétine, à l’arrière de l’œil, où convergent les rayons lumineux.

Où se situent exactement les lésions dues à la DMLA ?

Au niveau de la macula, les photorécepteurs sont placés sur une couche monocellulaire : l’épithélium pigmentaire rétinien (EPR), celui-ci est irrigué grâce à une couche très vascularisée :la choriocapillaire. Et entre l’EPR et la choriocapillaire, se trouve la membrane de Bruch.  Dans la DMLA, les lésions se forment à quatre niveau tissulaires : au niveau des photorécepteurs, de l’épithélium, de la membrane de Bruch et de la choriocapillaire.

Description des mécanismes.

Il existe deux formes de la DMLA, la forme sèche et la forme humide (seule la forme humide se traite pour l‘instant)

Dans la forme sèche, c’est une disparition progressive des cellules de la macula qui est observée.  Ces disparitions sont causées par une perturbation du métabolisme cellulaire. Il est très probable que le système immunitaire inné soit mis en cause ici, et plus précisément le système du complément : un groupe de 35 protéines qui s’activent en cascade pour aboutir à l’élimination de cellules apoptotiques. Mais le mécanisme précis de la dégénérescence maculaire demeure encore inconnu et fait l’objet de nombreuses études.

Dans la forme humide (appelée aussi forme néovasculaire ou exsudative) les cellules de la macula sont affectées en raison de l’apparition de nouveaux vaisseaux sanguins sous la macula. Ces néo-vaisseaux, fragiles, laissent diffuser du sérum qui soulève et déforme la macula, entraînant ainsi une hémorragie (la DMLA humide évoluera donc plus rapidement, pouvant conduire à une perte de la vision centrale en quelques semaines seulement). La forme humide est donc causée par une néoangiogénèse elle-même sous l’influence d’une 20 aine de facteurs :

Le  VEGF (Vascular Endothelial Growth Factor)

  • les FGF (Fibroblast Growth Factors),
  • les TGF-beta (Transforming Growth Factors),
  • les EGF (Epidermal Growth Factors),
  • les PDGF (Platelet-Derived Growth Factors),
  • les IGF (Insulin-like Growth Factors),
  • les TNF (Tumor Necrosis Factor alpha)
  • l’IL8 (interleukine 8)
  •  l’angiogénine.
  • Et autres …

Ainsi, il est bon de noter que su l’action de l’angiogénèse revêt  souvent un caractère bénéfique (cas de l’ischémie cardiaque,) l’angiogénèse peut parfois représenter des caractéristiques  nocives, comme dans ici au niveau de la rétine, (mais aussi au niveau des tumeurs cancéreuses qu’elles alimentent)

Traitements :

Depuis 2006, il est désormais possible de traiter la forme humide de la DMLA en utilisant des inhibiteurs du VEGF (Pegaptanib, Ranibizumab, Aflibercept). Des injections de ces anti-VEGF, directement dans l’œil par voie intra vitréenne permet de ralentir voire de stopper la progression de la forme humide de la DMLA.

Ces injections s’avèrent être bien plus pratiques et efficaces que les anciennes techniques, qui consistaient  quant à elles à détruire les néo-vaisseaux par photocoagulation (réalisation d’une brûlure thérapeutique réalisée avec un faisceau laser sur les vaisseaux anormaux) ou la thérapie photodynamique, qui consiste à injecter dans un premier temps un produit photosensible par voie intraveineuse qui deviendra ensuite  toxique sous l’effet de lumière rouge d’un laser.

Pistes de recherche :

La thérapie génétique est une approche intéressante car elle permettrait de supprimer l’inconvénient des piqures dans les yeux, d’autant plus que celles-ci nécessitent d’être régulières (en moyenne 7 fois par ans). Ainsi, l’idée est de transfecter un gène codant un anti-VEGF aux cellules de la rétine par l’intermédiaire d’un vecteur viral.

Pour le traitement de la forme sèche de la DMLA, la thérapie cellulaire est une piste explorée par certaines équipes de recherche à l’Inserm. Le concept est d’implanter des cellules épithéliales dérivées de cellules souches embryonnaires obtenus en culture cellulaire et des photorécepteurs. Ainsi, ces cellules viendraient contrecarrer le déficit en cellules détruites et  stopper les mécanisme de dégénérescence grâce à leur activité.

La thérapie par les virus

SOIGNER AVEC DES VIRUS: UNE SOLUTION D’AVENIR ?

Des virus qui soignent ? L’idée peut paraître surprenante. Mais avec quelques précisions, vous serez bientôt aptes à comprendre en quoi certains virus font l’objet de pistes sérieuses pour  le traitement de nombreuses maladies.

Coqueluche, diphtérie, légionellose, tuberculose… le point commun entre toutes ces infections ? Elles sont causées par des bactéries.  C’est également le cas de l’angine (lorsque son origine n’est pas virale).  Ces maladies causées par infections bactériennes sont appelées « bactérioses ». 

Les bactérioses ont longtemps constitué un danger de taille pour nos ancêtres, car une simple infection  pouvait facilement conduire à la mort. En 1940, les bactérioses étaient la première cause de décès en France. Aujourd’hui, grâce aux antibiotiques, les infections bactériennes ne représentent plus que 2 % des causes de décès dans notre pays.

La commercialisation des antibiotiques a été une gigantesque avancée dans l’histoire de la médecine si bien que cette révolution a permis de sauver des millions de vies. Toutefois, les antibiotiques se révèlent de moins en moins efficaces. Pourquoi ? Car les bactéries sont des micro-organismes vivants qui, grâce à des modifications de leur génome, ont su développer des mécanismes de résistance leur permettant de se défendre contre les antibiotiques.  C’est ce qu’on appelle l’ « antibiorésistance ».

Si une solution au problème de l’antibiorésistance n’est pas trouvée, les antibiotiques risquent de devenir complètement inefficaces. Selon le site officiel de l’OMS, il se peut  que l’antibiorésistance devienne responsable de l’inefficacité de la quasi-totalité des antibiotiques d’ici 30 ans. C’est donc en vue de répondre au problème des bactéries résistantes aux antibiotiques qu’un type bien spécifique de virus pourrait s’avérer intéressant : les bactériophages.

Mais qu’est-ce qu’un bactériophage ? Pour le comprendre, décomposons ce mot. On y trouve la racine « bactérie » auquel a été ajouté le suffixe « phage » (du grec ancien « phagein » qui signifie « manger ») les bactériophages sont donc des virus qui s’en prennent uniquement aux bactéries.  Cette catégorie de virus a  donc la particularité d’être tout à fait inoffensive pour l’être humain. Autre avantage : les bactériophages sont spécifiques de leur bactérie cible : elles n’attaqueront donc pas les bactéries profitables à notre organisme.

Toutefois, suite à un manque de résultats cliniques sur les bactériophages, il n’existe actuellement  pas d’autorisation de mise sur le marché pour les médicaments bactériophagiques en France et la législation ne permet leur usage qu’à titre exceptionnel. Mais qui sait comment évoluera cette piste ? Les bactériophages permettront-ils de pallier le problème de l’antibiorésistance ?

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